Statusno je Inštitut za hidravlične raziskave javni raziskovalni zavod, katerega ustanovitelj je Republika Slovenija. Inštitut se financira z raziskovalnim delom za gospodarstvo, v manjši meri pa iz proračuna preko financiranja infrastrukturnih obveznosti, raziskovalnih programov in raziskovalnih projektov.

Po strukturi je inštitut enovita organizacija, ki jo upravlja petčlanski upravni odbor, delo in poslovanje inštituta pa vodi direktor inštituta. Vprašanja s področja strokovnega dela inštituta obravnava tudi znanstveni svet inštituta.